Le musée archéologique de Lattes a accueilli de nombreuses expositions temporaires depuis son ouverture en 1986.

"Des Rites et des Hommes" 9 juillet 2011-8 janvier 2012
Du 9 juillet 2011 au 8 janvier 2012, l'exposition "Des Rites et des Hommes" a plongé les visiteurs dans l'univers des pratiques rituelles des populations celtiques, ibériques et grecques du bassin nord-occidental de la  Méditerranée.
Une sélection de 170 pièces : sculptures, vases votifs, armes et restes humains, provenant de 25 sites archéologiques entre Hyères en Provence et Valence en Espagne, exploraient quatre grands thèmes mettant en lumière divers gestes (sacrifices, offrandes, vénération de personnages illustres, prélèvement de crânes humains) destinés à fédérer ces groupes sociaux de la période préromaine (800-30 avant J.-C.).
"Points d'ancrage" 14 mai - 11 juillet 2011
Du 14 mai au 11 juillet 2011, le site archéologique Lattara-musée Henri Prades, lieu de mémoire de l'antique port de Lattes, a accueilli l'exposition d'art contemporain "Points d'ancrage" de Mehdi Melahoui, jeune diplomé de l'Ecole Supérieure des Beaux Arts de Montpellier Agglomération. Avec cette exposition, Mehdi Melahoui proposait d'aborder les questions essentielles liées aux migrations en Méditerranée, entre l'Afrique et l'Europe.
"Les objets racontent Lattara" 16 octobre 2010- 30 avril 2011.
Du 16 octobre 2010 au 30 avril 2011, l'exposition "Les objets racontent Lattara" proposait de raconter 700 ans d'histoire de l'antique cité, à travers des objets issus des fouilles menées à Lattes de 1963 jusqu'à nos jours, des objets conservés au musée mais rarement exposés. Les objets sélectionnés permettaient d’appréhender l’histoire du site fréquenté pendant près de 700 ans par les Gaulois, les Étrusques, les Grecs et les Romains, entre la fin du VIe siècle avant et le IIe siècle après J.-C.
"Véra d'Or" Emmanuelle Étienne 9 juillet-3octobre 2010.
Du 9 juillet au 3 octobre 2010, dans le cadre de "Casanova Forever", manifestation régionale organisée par le Fonds Régional d'Art Contemporain avec l'appui de la Région Languedoc-Roussillon, l'exposition "Véra d'Or" propose la mise en résonnance d'une vingtaine d'œuvres de l'artiste contemporaine Emmanuelle Etienne avec les collections du musée archéologique Henri Prades.
"Le vin. Nectar des dieux. Génie des hommes" 5 décembre 2009-27 juin 2010.
Cette exposition "Le vin. Nectar des dieux. Génie des hommes" consacrée à l'histoire du vin dans l'Antiquité, et plus particulièrement en Gaule, propose un voyage de l'Orient jusqu'à Lattes, en passant par la Grèce, l'Étrurie, le monde romain et la Gaule. Symbole des plaisirs terrestres ou célestes, le vin et sa culture se sont largement diffusés à travers le monde, depuis les premières fermentations il y a 7000 ans jusqu'à nos jours.

Dans le cadre du festival off de l'exposition "Vidéo, un art, une histoire, 1965-2007", programmée jusqu'au 18 janvier 2009 au musée Fabre de Montpellier Agglomération en partenariat avec le Centre Pompidou, le musée archéologique présentait, du 22 novembre 2008 au 18 janvier 2009, l'exposition Trous de Mémoire de Nora Martirosyan, artiste nouvellement entrée dans la collection des Nouveaux Médias du Centre Pompidou.
Dans le cadre de la manifestation régionale organisée par le FRAC Languedoc-Roussillon durant l'été 2008, intitulée "La Dégelée Rabelais", le musée archéologique de Lattes a accueilli, du 10 juin au 28 septembre 2008, l'exposition "La Femmina" de l'artiste belge Johan Creten. Cette exposition proposait une mise en résonance d'œuvres contemporaines avec la collection archéologique, pour une visite inédite et le renouvellement des points de vue des représentations du corps, très présentes dans la collection du musée.
L'exposition "Oudhna-Uthina. Redécouverte d'une cité de l'Afrique romaine" s'est  achevé le dimanche 18 mai 2008.
Depuis le 2 février 2008, plus de 5200 visiteurs sont venus au musée découvrir les 130 objets quasiment inédits provenant du dégagement des grands monuments du site archéologique d'Oudhna, situé à 30 km au sud-est de Tunis.
En 2007, l'exposition "Des Thraces aux Ottomans. La Bulgarie à travers les collections des musées de Varna" (22 décembre 2006-31 mars 2007) a rencontré un vif succès en totalisant plus de 3800 visiteurs.